I avisene, som alle var nazifiserte, ble hendelsen slått stort opp, og jødene fikk skylden for drapet på grensepolitimannen. Dette var påskuddet de lokale tyske og norske myndighetene trengte for å sette i gang arrestasjonene av jødiske menn 26. oktober.

Jødene i Trøndelag ble kraftigst rammet av de anti-jødiske tiltakene i tiden før deportasjonene. Under en unntakstilstand i Trondheim 6. til 7. oktober ble mannlige jøder fra 15-16-årsalderen og oppover arrestert og sendt til Falstad Konsentrasjonsleir. Kvinner og barn ble samtidig plassert i to leiligheter i byen. De arresterte jødene i Trondheim ble ikke sluppet løs igjen, og arrestasjonene 6. oktober ble derfor starten på deportasjonen av de norske jødene.

Etter dramaet på Haldentoget 22. oktober startet forberedelsene til arrestasjonene. Klokken 10.30 den 25. oktober 1942 mottok landets politimyndigheter et telegram fra statspolitisjef Karl Marthinsen med ordre om at alle mannlige jøder over 15 år, som hadde legitimasjonskort stemplet med ”J”, skulle arresteres uansett alder, og transporteres til Kirkeveien 23 i Oslo. Arrestasjonene skulle iverksettes 26. oktober, og alle ”voksne jødinner” skulle pålegges meldeplikt. Arrestasjonen ble hjemlet i lov av 24. oktober 1942. De mannlige jødene, flesteparten fra Sør-Norge, ble internert på Berg utenfor Tønsberg. Kun nordmenn deltok i arrestasjonene. Berg konsentrasjonsleir var underlagt Politidepartementet, og vaktmannskapene var norske. Flere overgrep ble begått mot de 336 jødene som ble internert på Berg.

20. november forlater lasteskipet Monte Rosa Oslo havn med 20 jøder om bord som hadde sittet fengslet lenge.

Arrestasjonene av de resterende jødene ble gjennomført 25. november utenfor Oslo og 26. november i hovedstaden. 227 jøder fra Berg ble samme dag sendt til Oslo og sammen med de arresterte jødene fra Sør-Norge avlevert på Utstikker I ved Oslo havn. Også i denne arrestasjonen deltok kun nordmenn. Jødene ble ført om bord i M/S Donau, som forlot Oslo med 532 jøder klokken 14.55. En mindre transport på 26 jøder, nok en gang med skipet Monte Rosa, forlot Oslo samme dag. På grunn av forsinkelser rakk ikke jødene fra andre deler av landet fram til Oslo før 2. Desember og senere. Dette var hovedsakelig jøder fra Trondheim, Kristiansund, Narvik og andre mindre byer. Denne gruppen jøder ble internert på Bredtvedt fengsel og deportert 25. februar, sammen med jøder fra Grini, på skipet Gotenland. Totalt ble 771 jøder deportert fra Norge. Bare 34 overlevde.