Vaktstyrken om bord bestod av 50 mann, ledet av Oberleutnant Manig. Selve transporten ble ledet av Untersturmfürer Klaus Grossmann, en av assistentene til Hauptsturmführer Wilhelm Wagner. Det var Wagner som 24. november ga ordre til den norske statspolitisjef Marthinsen om at alle jøder med "J" i passet skulle arresteres og deporteres ut av landet. Wagner var til stede på Utstikker 1, sammen med politiinspektør Knut Rød, som hadde ledet arrestasjonene av jødene i Oslo og Aker.

Forholdene var dårlige for fangene under transporten. De 532 jødene ble stuet sammen i to lasterom, kvinner og barn i det ene og menn i det andre. Ved Drøbak blåste det opp til storm, og Donau ble derfor liggende en stund ute i Oslofjorden. Ute i åpen sjø rullet skipet voldsomt, noe som førte til at mange ble svært sjøsyke.

De fleste antok at transporten skulle gå nordover til en arbeidsleir i Norge, men Donau gikk mot sør gjennom Øresund. Fangene kunne se det opplyste Sverige på babord side og det mørklagte Danmark på styrbord.

Under rettssaken mot Gestapo-sjef Hellmuth Reinhardt i Baden-Baden i 1967 kom det frem at enkeltpersonell fra vaktstyrken hadde trakassert fangene under overfarten og kommet med hentydninger om hva som ventet dem.

Donau ankom Stettin klokken 11.10 om formiddagen 30. november. På grunn av den sterke stormen i Østersjøen var skipet et døgn forsinket. På kaien ble de norske jødene overlatt til det tyske sikkerhetspolitiet og vaktmannskaper fra ordenspolitiet. Jødene blir fraktet videre mot Auschwitz med tog senere samme dag. Her ble de som nazistene mente kunne arbeide, sendt i arbeidsleir, mens kvinner, barn og eldre - i alt 346 mennesker - ble sendt rett i gasskammeret. I alt 186 menn i alderen ca. 15 til 50 år ble registrert som arbeidsdyktige fanger. De fikk fangenumrene fra 79064 til 79249.

Selv om andre skip også deltok i deportasjonene, har Donau blitt stående som et symbol for forsøket på å tilintetgjøre de norske jødene. Mange norske politiske fanger ble også fraktet til tyske konsentrasjonsleire med Donau og tusener av utsultede russiske krigsfanger ble fraktet til Norge for å bygge ut tyske festningsverk. Donau fraktet også mengder av tyske forsyninger og tropper til og fra Norge.

I januar 1945 ble D/S Donau senket utenfor Drøbak med tidsinnstilte sprengladninger av den legendariske sabotøren Max Manus fra Kompani Linge og Roy Nilsen fra Milorg. Skipet ble hevet og hugget i Bremerhaven på begynnelsen av 1950-tallet.