Fra august 1938 hadde foreldrene til alle funksjonshemmede barn under tre år meldeplikt for barna hos politiet. Senere hadde alle under17 år meldeplikt. Nazistene brukte oversikten de fikk gjennom meldeplikten som grunnlag for massemordene. I omtrent 30 forskjellige behandlingssteder og sykehjem ble mellom 5000 og 8000 barn myrdet, vanligvis med giftinjeksjoner.

Rett etter overfallet på Polen ble ca. 10 000 pasienter drept ved skyting og sprengning i de okkuperte områdene, men også i en del av det tyske riket.

I oktober 1939 fikk Brandt og riksleder Philip Bouhler fullmakt av Hitler til å utvide eutanasiaksjonen til hele riksområdet (det vil si de okkuperte områdene i Tsjekkoslovakia, Østerrike, deler av Polen), men han ønsket ikke å lage en lov som tillot aksjonen. Antageligvis fordi det ville kommet mange protester på en slik lov. Eutanasiprogrammet ble av nazistene selv kalt T4, oppkalt etter hovedkvarteret i Tiergartenstraße 4 i Berlin. Det omfattet seks asyler innenfor Det tyske rikets grenser, hvor drapene først ble gjennomført ved gassing i lastebiler og senere i gasskamre. Ofrene hadde først og fremst diagnosene schizofreni, epilepsi og åndssvakhet. Hvis de ikke kunne arbeide, var det større sannsynelighet for at de ble drept. Blant legene møtte eutanasiprogramet overraskende liten kritikk.

Selv om programmet ble holdt hemmelig, ble massedrapene kjent i befolkningen i løpet av 1940, og framkalte avsky. Voksende kritikk, for eksempel fra biskop Clemens von Galen i Münster, førte til at Hitler besluttet at aksjonene offisielt skulle innstilles. Dette skjedde i september 1941, og T4-spesialistene ble forflyttet til Øst-Europa hvor de brukte gass for å myrde jødene. Men også etter den offisielle avbrytelsen av programmet, ble drapene videreført av personalet i de enkelte sanatoriene. Etter egen T4-statistikk ble 70 273 mennesker drept. Under Nürnberg-prosessen ble antallet eutanasioffer vurdert til omtrent 275 000.