Einsatzgruppen var grupper av frivillige fra SS, Waffen SS, det tyske politiet og SD. Gruppene ble ledet av SS-offiserer som så på seg selv som spydspissen i nazismens rasekrig.

I likhet med utviklingen av nazistenes folkemordspolitikk, ble også Einsatzgruppenes oppgaver endret. Da Hitler innlemmet Østerrike (1983) og Tsjekkoslovakia (1939) i Det tyske riket, var oppgavene deres i første rekke å arrestere tyske flyktninger og kjente anti-nazister. Under krigen i Polen var Einsatzgruppene aktive i organiseringen av de jødiske gettoene, og de drepte polske intellektuelle for å svekke den polske motstandsbevegelsen. En Einsatzgruppe var også i Norge en kort stund i 1940.

Under krigen mot Sovjetunionen (fra sommeren 1941), var Einsatzgruppenes oppgave å utrydde sovjetiske jøder. Kommunistiske aktivister, sovjetiske krigsfanger og sigøynere ble også henrettet av Einsatzgruppen . I noen områder ble også funksjonshemmede drept hvis de tyske styrkene hadde behov for institusjonene der de var lagt inn.

I Øst-Europa var drapsmetoden hovedsakelig massehenrettelser ved skyting på nært hold. Noen steder ble Einsatzgruppene hjulpet av lokale enheter, som Sonderkommando Arajs.Den sto for drapet på 25.000 latviske og tyske jøder i Rumbula i Latvia i november og desember 1941. En av de største massakrene fant sted i september 1941 i Babi Yar utenfor Kiev i Ukraina. Her drepte Einsatzgruppe C 35.000 jøder og 60.000 sigøynere, krigsfanger og andre sovjetiske sivile.

Politiminsteren i Nasjonal Samlings regjering, Jonas Lie, var med Einsatzgruppe D i Odessa under massakren av over 80.000 sivile, hvorav de fleste jøder i oktober 1941.

Siden massakrene førte til stort psykologisk stress for drapsmennene, utviklet SS drapsmetoder hvor det ikke lenger var nødvendig med nærkontakt med ofrene. De nye drapsmetodene var massedrap ved gassing, slik det forekom i Auschwitz, og i fem andre dødsleire i Polen.

Rapportene fra Einsatzgruppene til overordnede i Tyskland om hva de gjorde i Sovjetunionen, er en viktig kilde til kunnskap om utviklingen av Holocaust i 1941-1942.

I 1947-1948 ble det ført rettssaker mot 24 offiserer fra Einsatzgruppene i Nürnberg i Tyskland. 14 ble dømt til døden og fem til livstid i fengsel; fire av de som ble dømt til døden ble også henrettet, de øvrige fikk omgjort sine straffer til livstid i fengsel. Ellers ble de stilt for retten i Sovjetunionen og andre steder i Tyskland. Først i 1959 gjenopptok Tyskland rettssakene mot menige og offiserer i Einsatzgruppene.